PRI (Programme de Recherche Intégré) 1
Pôle de ressources FRAP PDAC
- Coordination : Rémy Nicolle (Team 14) & Audrey Vincent (Team 5)
- Objectif : agréger les ressources biologiques du réseau et les données publiques (transcriptomiques single-cell et spatiales) dans un hub FAIR — Faciles à trouver, Accessibles, Interopérables et Réutilisables — pour accélérer la recherche sur le cancer du pancréas.
- Structure du hub :
- Pôle préclinique : catalogage et harmonisation des modèles (PDO, PDX, CAF, etc.).
- Pôle de données moléculaires : agrégation, harmonisation et distribution des jeux de données omiques.
- Pôle patient/tissu : exploitation et valorisation des biobanques et collections cliniques.
- Publics cibles : membres du réseau (ressources sensibles), académiques (ressources curatées) et entités commerciales.
Le hub s’appuiera sur l’infrastructure BACAP (biobanque nationale INCa). Trois ingénieurs à temps plein seront dédiés à ce pôle.
PRI1 - Lot de Travail 1
Pôle préclinique
- Responsable : Nelson Dusetti (Team 10)
- Objectif : faciliter le partage, la standardisation et la qualité des modèles précliniques (PDO, PDX, CAF, lignées primaires) entre laboratoires.
- Résumé et justifications :
Les modèles PDO, CAF et PDX permettent d’étudier les dynamiques de réponse/résistance aux traitements et d’identifier des biomarqueurs prédictifs. Ce lot de travail vise à créer un catalogue rétrospectif et prospectif des modèles du réseau, harmoniser les protocoles et mettre en place une base REDCap conforme aux items OSIRIS. - Actions clés :
- Construction d’un inventaire (données cliniques de base, multi-omics traités) stocké dans REDCap — pseudonymisation et gouvernance par le comité tissu.
- Harmonisation des protocoles de production/caractérisation (organoïdes, PDX, cultures primaires) et implémentation à Lille, Toulouse et Marseille.
- Facilitation des collaborations inter-équipes et partage de savoir-faire pour augmenter la diversité des modèles.
PRI1 - Lot de Travail 2
Pôle de données moléculaires
- Responsables : Rémy Nicolle (Team 14) / Vera Pancaldi (Team 15)
- Objectif : agréger, normaliser et fournir un accès FAIR aux jeux de données omiques liés au PDAC, avec des outils d’analyse no-code.
- Résumé :
Malgré l’existence de larges jeux de données (>4k RNAseq patients, >2M scRNAseq), l’accès et l’interopérabilité restent limités. Le pôle de données fournira des jeux de données traités (niveau ≥3) et des métadonnées cliniques, sans stockage de données brutes identifiantes. - Fonctionnalités prévues :
- Agrégation, traitement, curation et normalisation selon OSIRIS ; publication via un portail web interrogeable.
- Hub d’analyse no-code : applications interactives (Shiny) pour requêtes clinico-biologiques (analyse de survie, interrogation scRNAseq, exploration d’images spatiales).
- Développement modulaire d’applications répondant aux besoins du réseau : expression génique par type cellulaire, corrélations intercellulaires, caractéristiques d’images spatiales (tysserand, mosna).
PRI1 - Lot de Travail 3
Pôle patient et tissu
- Responsables : Jérôme Cros (Team 13) / Barbara Bournet (Team 9)
- Objectif : centraliser l’information sur les collections (tissus, sang, plasma) et faciliter l’accès, le traitement et la valorisation des échantillons.
- Actions :
- Catalogue agrégé des collections des partenaires, conforme à OSIRIS et publié sur le portail du réseau.
- Mise à disposition de la plateforme technique (histologie, TMA, IHC, extractions d’ADN/ARN) pour rationaliser l’utilisation des échantillons.
- Soutien réglementaire via le comité tissu et organisation logistique entre sites chirurgicaux et sites de production de modèles.
PRI2 — Analyse multi-échelle du PDAC
- Responsables : Sophie Vasseur (Team 2) / Corinne Bousquet (Team 1)
- Objectif : à partir des ressources du PRI1, développer des projets fondamentaux et translationnels pour comprendre la biologie du PDAC et répondre aux besoins cliniques.
PRI2 - Lot de Travail 1
Impact de l’exposome
- Responsables : Therese Truong (Team 7) / Nelson Jonckheere (Team 5)
- Résumé : identification et validation des facteurs de risque (alimentation, contaminants, polluants atmosphériques) associés à des sous-types moléculaires du PDAC, via la cohorte E3N-Generations et la banque BACAP.
- Tâches principales :
- Identifier les facteurs (cohorte E3N, questionnaires, GIS, biomonitoring).
- Validation biologique in vitro/in vivo (organoïdes, GEMM Pdx1-Cre ;KrasG12D).
PRI2 - Lot de Travail 2
Interactions cellulaires dans la tumeur
- Responsables : Corinne Bousquet (Team 1) / Richard Tomasini (Team 2)
- Résumé : étudier le dialogue complexe entre cellules cancéreuses et stroma (CAFs, cellules endothéliales, immunes, nerveuses) dans un microenvironnement rigide, hypoxique et pauvre en nutriments.*
- Tâches :
- Développer des modèles co-culture et tumors-on-chip pour étudier la résistance aux traitements.
- Étudier la plasticité des cellules cancéreuses selon le stade, la localisation, la résistance, le traitement et le génotype.
- Décoder les rôles des ligands solubles, de la matrice extracellulaire (ECM) et des vésicules extracellulaires (EVs) dans la communication tumorale.
PRI2 - Lot de Travail 3
Impact du PDAC sur le patient
- Responsables : Sophie Vasseur (Team 2) / Stephane Servais (Team 6)
- Résumé : étudier la cachexie associée au cancer (CAC) et la relation tumeur-hôte : métabolome, signaux circulants, modèles co-culture et GEMM, et développement d’outils IA pour l’analyse CT-scan.
- Principales tâches :
- Identifier les mécanismes menant à la CAC et tester des options thérapeutiques.
- Étudier la modulation des sites métastatiques et les changements du parenchyme non malin.
- Explorer le rôle du microbiome dans l’évolution tumorale et la résistance (PANORAMIX, CAPALONG).
PRI2 - Lot de Travail 4
Perspective patient
- Responsable : Cindy Neuzillet (Team 11)
- Résumé : intégrer les priorités et besoins des patients (enquête Espoir Pancréas, >3 000 personnes) : qualité de vie, impacts psychosociaux, parcours de soins.
- Tâches :
- Revue sur la collecte HRQoL dans les essais cliniques et réanalyse des données PRODIGE.
- Étudier l’impact psychosocial sur les patients et aidants (Psycho-Pancreas).
- Identifier les obstacles et leviers du parcours de soins pour définir des indicateurs pertinents.
PRI3 — Intégration de la recherche fondamentale en essais cliniques
- Responsables : Cindy Neuzillet (Team 11) / Nelson Dusetti (Team 10)
- Objectif : traduire les découvertes fondamentales en stratégies thérapeutiques et biomarqueurs intégrés dans les essais cliniques.
PRI3 - Lot de Travail 1
Biomarqueurs et essais axés sur les biomarqueurs
- Responsables : Nelson Dusetti (Team 10) / Jean-Baptiste Bachet (Team 12)
- Points clés :
- Signatures transcriptomiques prédictives validées et en cours d’extension (collaboration Predicting Med).
- Essais cliniques en cours : FUNGEMAX, GEMFOX, PACsign-01, GemSign-01, NeoPREDICT.
- Développement de signatures épigénétiques (ctDNA, piDNA) et de biomarqueurs plasmatiques dynamiques.
PRI3 - Lot de Travail 2
Nouvelles modalités thérapeutiques
- Responsables : Pierre Cordelier (Team 9) / Ilaria Cascone (Team 3)
- Axes :
- Améliorer la distribution des médicaments (nanoparticules lipidiques, magnétiques) et cibler des mécanismes de résistance (NUPR1, CDA).
- Approches d’immunomodulation : nanoparticules magnétiques, virus oncolytiques — évaluer sécurité et effets immunologiques sur modèles syngéniques.
PRI3 - Lot de Travail 3
Amélioration du design des essais cliniques
- Responsables : Cindy Neuzillet (Team 11) / Amelie Anota
- Initiatives :
- Comité clinicien-chercheur-patient pour concevoir essais et études annexes.
- Définition des données minimales et PRO à collecter dans les essais.
- Développement de critères composites cliniquement pertinents (intégrant la perspective patient).
